Con las nuevas versiones (y es importante sobre todo si usas los repositorios oficiales y no los de tu distribución), la ubicación por defecto de la configuración de Docker Engine es /etc/docker/daemon.json, y sí, efectivamente se trata de un fichero JSON.

Aunque se nos proporciona una plantilla para que sepamos de qué opciones dispone, esta es la mía (Fedora de desarrollo local), por si sirve a alguien:

{
    "group": "wheel",
    "icc": false,
    "log-driver": "journald",
    "selinux-enabled": true,
    "storage-driver": "overlay2"
}

Creo que son las configuraciones más importantes: