Si quieres, puedes leer la incidencia que se envió a (y fue ignorada por) Google, y la explicación del por qué de dicha decisión.

Supuestamente es por hacer la vida más fácil a los usuarios torpes, que acaban teniendo su tarjeta SD llena de carpetas desconocidas y que tienen que borrar de vez en cuando. Pero no proporcionan ninguna alternativa viable para los usuarios que no somos tan torpes, o que preferimos borrar algunas carpetas de vez en cuando antes que guardar todos nuestros archivos en Google Drive. Al menos parece que es un problema que afecta a Android 4.4, pero que ha sido solucionado en Android 5 con un sistema que requiere la interacción del usuario para otorgar esos permisos. No es especialmente intuitivo, pero al menos puedes recuperar el control de tus documentos...

Desde luego, esto, sumado al abandono de Firefox OS para móviles por parte de Mozilla, hace que el panorama de sistemas operativos móviles libres sea cada vez más desesperanzador.