Desde que uso Gnome 3.4 no veo un pimiento en la terminal empotrada de Gedit, porque aplica su propia paleta de colores, poniendo el texto en blanco y el fondo en gris suave.
Para corregirlo:
$ gsettings set org.gnome.gedit.plugins.terminal foreground-color "#FFFFFF"
Así se ponen las letras en negro. Puedes usar cualquier color en RGB hexadecimal.
Editado:
Gracias al comentario de Sir Co$t Granda (@costesito), hemos visto la luz. Para hacer el cambio permanente:
$ gsettings set org.gnome.gedit.plugins.terminal use-theme-colors false
Para poner las letras en negro y el fondo en blanco:
$ gsettings set org.gnome.gedit.plugins.terminal foreground-color black $ gsettings set org.gnome.gedit.plugins.terminal background-color white