Lo primero es lo primero así que avisar que hay una forma de hacerlo manualmente, que es de la siguiente manera:

<background>
<static>
<duration>tiempo que estara el fondo de escritorio</duration>
<file>enlace de la imagen(ej:/home/..)</file>
<transition>
<duration>duracion del cambio de un fondo a otro</duration>
<from>enlace de la imagen(ej:/home/..)</from>
<to>enlace de la imagen(ej:/home/..)</to>
</transition>
</static>
</blackground>

Y así con todos los fondos si os cansáis encontré un programa muy bueno.
En centro de software de Ubuntu poned en el buscador Desktop Nova y voilà lo mismo de antes pero más sencillo, se pone la carpeta que tengáis las fotos y las cambia aleatoriamente.