... aunque debería funcionar también con otras versiones de DNIe.
El blog de Emezeta nos da bastantes ideas, pero yo, siguiendo la dinámica de este blog, me decantaré por una que requiera instalar pocas cosas y se pueda usar con software libre principalmente. En este caso: JSignPdf (ojo, no confundir con jPdfSign, que sencillamente no funciona), un proyecto que ha sido suspendido, pero que funciona.
Necesitaremos dos contraseñas, una del dueño del documento (usaremos yo) y otra para un usuario, al que se le pueden dar determinados permisos (usaremos tu).
Ahora instala PDFtk Server y ejecuta:
Suponiendo que tienes dos ficheros PDF llamados 1.pdf y 2.pdf que quieres combinar en combinado.pdf: