... aunque debería funcionar también con otras versiones de DNIe.
El blog de Emezeta nos da bastantes ideas, pero yo, siguiendo la dinámica de este blog, me decantaré por una que requiera instalar pocas cosas y se pueda usar con software libre principalmente. En este caso: JSignPdf (ojo, no confundir con jPdfSign, que sencillamente no funciona), un proyecto que ha sido suspendido, pero que funciona.
Las instrucciones son concretamente para Fedora 22, pero supongo que no diferirán mucho para otras distribuciones.
Primero necesitas un lector de tarjetas inteligentes que esté en la lista de dispositivos soportados.